Sesuai dengan Peraturan Menteri Agama (PMA) Nomor 19 Tahun 2019 tentang Organisasi dan Tata Kerja Vertikal Kementerian Agama, susunan organisasi beserta tugas dan fungsi Kantor Kementerian Agama Kabupaten Semarang adalah sebagai berikut.
- Subbagian Tata Usaha bertugas melakukan penyiapan bahan koordinasi penjabaran kebijakan teknis dan kegiatan, pelayanan urusan persuratan, administrasiperencanaan, kepegawaian, keuangan dan barang milik negara, keorganisasian dan ketatalaksanaan, penyusunan keputusan, kerumahtanggaan, kearsipan, hubungan masyarakat, serta publikasi, data dan informasi.
- Seksi Pendidikan Madrasah bertugas melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pengelolaan data dan informasi, serta penyusunan rencana dan pelaporan di bidang pendidikan raudlatul athfal, madrasah ibtidaiyah, dan madrasah tsanawiyah.
- Seksi Pendidikan Diniyah dan Pondok Pesantren bertugas melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pengelolaan data dan informasi, serta penyusunan rencana dan pelaporan di bidang pendidikan diniyah,diniyah takmiliyah, kesetaraan, Al-Quran, dan pondok pesantren.
- Seksi Pendidikan Agama Islam bertugas melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pengelolaan data dan informasi, serta penyusunan rencana dan pelaporan dibidang pendidikan agama Islam pada pendidikan anak usia dini, sekolah dasar atau sekolah dasar luar biasa, sekolah menengah pertama atau sekolah menengah pertama luar biasa, sekolah menengah atas atau sekolah menengah atas luar biasa, dan sekolah menengah kejuruan.
- Seksi Penyelenggaraan Haji dan Umrah bertugas melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pengelolaan data dan informasi, serta penyusunan rencana dan pelaporan di bidang pendaftaran dan pembatalan haji, bimbingan manasik, bina haji reguler, penyelenggara haji khusus dan umrah, transportasi dan dokumen haji reguler, serta administrasi keuangan haji.
- Seksi Bimbingan Masyarakat Islam bertugas melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pengelolaan data dan informasi, serta penyusunan rencana dan pelaporan di bidang urusan agama Islam dan bina
syariah, bina kantor urusan agama dan keluarga sakinah, serta penerangan agama Islam. - Penyelenggara Zakat dan Wakaf bertugas melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pengelolaan data dan informasi, serta penyusunan rencana dan pelaporan di bidang pemberdayaan zakat dan wakaf.
- Penyelenggara Kristen bertugas melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pengelolaan data dan informasi, serta penyusunan rencana dan pelaporan di bidang urusan agama Kristen, pendidikan agama, dan
pendidikan keagamaan Kristen. - Penyelenggara Katolik bertugas melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pengelolaan data dan informasi, serta penyusunan rencana dan pelaporan di bidang urusan agama Katolik, pendidikan agama, dan pendidikan keagamaan Katolik.
- Penyelenggara Buddha bertugas melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pengelolaan data dan informasi, serta penyusunan rencana dan pelaporan di bidang urusan agama Buddha, pendidikan agama, dan pendidikan keagamaan Buddha.